オフターゲット効果予測サービス

オフターゲット効果予測サービス(siRNA、アンチセンス核酸)

siRNAの配列やアンチセンス核酸の配列が決定したら、標的外の遺伝子の中に、標的配列とのホモロジー(配列類似性)が高くオフターゲットを示しうる遺伝子がないか確認すること、また、後のin vivo試験を見据え、ヒト以外に実験動物であるマウスなど他の哺乳動物についてもオフターゲットを示しうるか把握することが重要です。

オフターゲット効果予測サービスでは、GGGenomeを用いた配列相同性検索と、リストアップした相同性のある遺伝子の中に発現抑制による機能低下が生育に影響しうる遺伝子が含まれるかどうか、オフターゲット対象生物種の必須遺伝子リストを参照してin silicoデータ解析し、作成したリストを提供します。
注)本サービスは、ヒトまたはマウス由来配列のみを対象としています。オフターゲットならびにそれに起因する事象の回避保証はありません。


特 長
  • in silicoデータ解析を代行し、研究者をサポート
  • オフターゲット対象生物種として、ヒトまたはマウスのどちらかを選択
  • GGGenomeを用いた相同性検索
  • 相同性を示した遺伝子をリストアップし、その中に必須遺伝子(生命維持に重要な機能を果たしている遺伝子)が含まれるかを検索
  • 結果はエクセルファイルで、配列毎に「サマリー」と「遺伝子リスト」を提示
    • 「サマリー」
      サマリーの例
    • 「遺伝子リスト」(必須遺伝子をハイライト表示)
      リストの例
サービスの流れ
STEP1 専用申込用紙 をニッポンジーンへ送付してください。
お客様からニッポンジーンへご提供いただく情報
お客様情報 お客様情報(お届け先Emailアドレス、お客様住所、代理店名など)
配列情報 配列名、配列、オフターゲット対象生物種(ヒトまたはマウス)
  • siRNAを解析されたい場合、センス鎖とアンチセンス鎖の両方が解析対象となります。申込用紙に両方の配列を入力してください。(1 siRNA=2配列=2解析)
  • 同じ配列に対して、ヒトおよびマウスそれぞれの生物種でオフターゲット解析を依頼される場合は、申込用紙に同じ配列を入力してください。(1配列/ヒトで解析、1配列/マウスで解析=2解析)
STEP2 解析結果をお受け取りください。
ニッポンジーンからお客様へご提供する情報(解析結果)
提供データ
  • 解析結果の「サマリー」と、各配列に対する解析詳細の「遺伝子リスト」を提示します。
  • 解析結果(エクセルファイル)をお客様にE-mailにて報告します。
解析について
解析方法
  • GGGenome (https://gggenome.dbcls.jp/)を用いて、オフターゲット対象生物種(ヒトまたはマウス)のデータベースで相同性検索します。
  • 塩基配列中に0~3個のミスマッチ・挿入・欠落が見られる相同性を示した遺伝子をリストアップします。
  • 相同性のある遺伝子の中に、Database of Essential Genes (DEG) に掲載された必須遺伝子が含まれるかを検索します。
    • Luo, Hao, et al. “DEG 15, an update of the Database of Essential Genes that includes built-in analysis tools.” Nucleic acids research 49.D1 (2021): D677-D686.
    • 標準でヒトの場合Human ortholog of lethal mouse phenotypic genesとしてリストされた遺伝子(DEG2010)、マウスの場合はMGI lethal mouse phenotypic gene (DEG2005)を検索します。
注意事項
  • 本サービスは、ヒトまたはマウス由来配列のみを対象としています。
  • オフターゲットならびにそれに起因する事象の回避保証はありません。
  • 配列のファックス・書面でのお申し込みはお受け致しかねますのでご注意ください。
注文締め切り時間と納期

営業日の17:00までにE-mailまたはオーダーフォームよりご注文を受付した分が当日受注分となります。

  • 納期は受注日を0とした場合の解析結果報告日です。
  • ご報告は原則として月曜から金曜まで行っております。
  • 土・日・祝日および弊社指定の休業日は営業日にカウントされません。

 

納期表(オフターゲット効果予測サービス)

注文内容 納期
解析作業(10解析まで) 5営業日
  • 解析にお時間かかる場合はご連絡いたします。
  • 11解析以上の納期についてはお問い合わせください。
価 格

価格表(オフターゲット効果予測サービス)

注文内容 希望納入価格
1解析(1配列に対して実施する解析) 10,000円
  • siRNAを解析されたい場合、センス鎖とアンチセンス鎖の両方が解析対象となります。申込用紙に両方の配列を入力してください。(1 siRNA=2配列=2解析)
  • 同じ配列に対して、ヒトおよびマウスそれぞれの生物種でオフターゲット効果予測解析を依頼される場合は、申込用紙に同じ配列を入力してください。(1配列/ヒトで解析、1配列/マウスで解析=2解析)
注文方法
1. オフターゲット効果予測サービス申込用紙 をダウンロードします。
2. 申込用紙のお客様情報シートにお名前、お届け先住所、代理店名を入力します。
3. シート名「Order Sheet」に必要事項を入力して保存してください。
あらかじめ注意事項を必ずご一読いただき、ご理解いただいた上で、本サービスをご利用ください。
4. エクセルファイルをE-mail添付もしくはオンラインオーダーよりお送りください。
納品

ご注文の際にご入力いただいたお客様のEmailアドレスへエクセルファイルをお送りします。

お支払い

本サービスは、株式会社ニッポンジーンが富士フイルム和光純薬株式会社を国内販売元として提供するサービスです。ご注文の際には、富士フイルム和光純薬株式会社の代理店・特約店 をご指定ください。ご指定頂いた代理店・特約店より納品書、請求書を発行いたします。その他の納入業者を指定される場合には、弊社までお問い合わせください。


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