よくある質問
A. 脱塩グレードとPAGEグレードでは、純度(完全長の割合)が異なってきます。PAGEグレードの方が完全長siRNAの含有率が高くなります(高純度)。そのため、同じ量のsiRNAを添加した場合、PAGE品の方が活性が高くなりますので、PAGE品では細胞への導入量を減らすことができます。また、不完全長のsiRNAがオフターゲットの影響を及ぼす可能性もゼロではないかと思います。以上より、導入量を減らすことができ、オフターゲットを極力抑制できる、PAGE精製品がお薦めとなります。しかし、siRNAの効果を確かめるスクリーニング目的では、脱塩品からお試しされることをお薦め致します。効果の確認後に、上記メリットが必要とご判断された際に、PAGE精製品のご使用をご検討頂くのが良いかと存じます。
A. どちらの精製グレードのsiRNAを選ばれても問題なく実験に使用できます(下図:使用例)。脱塩グレードよりPAGEグレードの方が高純度で、完全長siRNAの含有率が高くなりますので、より高い効率での抑制を望まれる場合はPAGEグレードをご検討ください。
A. siRNAの3’末端にある2塩基のオーバーハングには、多くの場合ピリミジンのチミン(dTdT)やウラシル(UU)が使用されていますが、どちらでもRNAi効果は変わりません。当社ではsiRNAの安定性の観点からdTdTの付加を推奨しています。
A. 5×アニーリングバッファー組成: 0.25 M Tris-HCl pH7.5、0.5 M NaCl
A. GenbankのAccession Number (“NM_”から始まるNCBI Reference Sequence) をお送りいただければ設計可能です。
A. リーダー配列は、siRNAとなりうる配列(19塩基)の5’末端上流の2塩基となっております。なお、リーダー配列そのものはsiRNAとは直接関係ありませんので、設計結果にリーダー配列は記載されておりません。
A. 通常、オフターゲットは考慮致しませんが、ご要望の場合は、ご注文時にその旨を申込用紙の備考欄にご記載いただければオフターゲットを考慮して設計することも可能です。
A. 27 mer siRNA設計方法につきましては、IDT社様のホームページに掲載の記事がご参考になるかと思います。
Dicer Substrate RNAi Design. How to design and order 27-mer Dicer-substrate Duplex RNAs for use as RNA interference reagents., Integrated DNA Technologies.
A. ポジティブコントロールの配列はマウスのβ-actinの配列と100%一致しているので、理論上はマウス細胞でも使用可能ですが、実際の使用については確認しておりません。